ДСНС України співпрацює з Естонською Республікою у рамках Програми НАТО «Партнерство заради миру» шляхом спільної участі в міжнародних заходах в сфері планування на випадок надзвичайних ситуацій.

У вересні 2010 року представники МНС України взяли участь в науково-практичній конференції «IT технології і створення сучасних телекомунікаційних мереж», яка відбулась в Естонській Республіці.

29 березня 2012 року в м. Києві відбулась зустріч керівництва МНС України з Генеральним директором рятувального Департаменту Естонської Республіки

К. Тимберсом, під час якої сторони розглянули питання двостороннього співробітництва.